San Marcos ist eine Stadt in Guatemala und Verwaltungssitz des Departamentos San Marcos sowie der gleichnamigen Großgemeinde (Municipio), die 121 km² umfasst. San Marcos bildet zusammen mit der im Osten angrenzenden Stadt San Pedro Sacatepéquez ein zusammenhängendes Siedlungsgebiet, in dem etwa 80.000 Menschen leben.
Die Stadt liegt etwa 250 km nordwestlich von Guatemala-Stadt und 52 km nordwestlich von Quetzaltenango im Hochland der Sierra Madre auf 2.398 m Höhe. Man erreicht San Marcos von Guatemala-Stadt aus auf der Interamericana (CA 1) und der bei Cuatro Caminos nach Südwesten abzweigenden Nationalstraße 1. San Marcos liegt im Valle de Candacuchex (dt. „kalter Ort“) in der Nähe des 4.220 m hohen Tajumulco. Das Klima ist gemäßigt bis kalt.
